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从楚云儿那里回来的石越紧接着就引起了四月份的一场风暴。因为唐棣等人还没来得及接到任命，这也让他们在这场风暴依旧担任着助手的角色。
熙宁三年的四月，本来应当是一个春暖花开的季节，但是从另一个角度来看，这个季节却也是个多事的季节。在朝廷中，王安石开始了对御史台新党异议分子的大清洗，自御史中丞以下，一大批台谏官员被皇帝赶出了朝廷。而在民间，则是刚刚出版《论语正义》、拒绝赴博学鸿儒科考试的石越，再次刊发了惊世之作——《疑古文尚书伪作论》。
〔作者按：《尚书》又称《书经》或《书》，在某种意义，是中国最早的政治典册集，据说保存了上古三代到夏商周三代的一些政治资料，历来是中国的重要经典，儒家更是奉之为“五经”之一。因为秦始皇焚书，又历楚汉战乱，几乎失传，到了西汉初年，才由政府派专人到一些仅存的《尚书》专家那里，由那些老先们背诵，专人抄写，整理成文，后来被立为五经之一，因为是用西汉的文字写成的，所以叫《今文尚书》，《今文尚书》一直流传下来，都是西汉整理的版本。而所谓《古文尚书》，是西汉孔子的后代孔安国在他自家的墙壁里发现的，因为用更古老的文字写成，所以叫《古文尚书》。《古文尚书》孔安国版本，也是真的，因为《今文尚书》是整理出来的，所以实际上还不如《古文》全。但是因为种种原因，《古文尚书》后来失传了，到了东晋才有人又献上一部《古文尚书》，这一版却是假的了。东晋以来流传下来的，自然都是假的《古文尚书》。这是经学界有名的一桩公案。——这一段介绍请不要计入收费字数中。〕
这本书的内容，无非是阎若璩《古文尚书疏证》和惠栋《古文尚书考》的主要内容，证明东晋梅本《古文尚书》是伪作。另外还一部分内容更是直接攻击《今文尚书》除开《西周书》之外，也全部是后人伪作。
这本书就是石越和唐棣等人自《论语正义》之后一直在做的事情之一，当时今古文《尚书》并没有分开，一直是合在一起出版的，要到朱熹才开始慢慢怀疑到今古文《尚书》，便把今古文《尚书》分开来讲。此时石越直接攻击《古文尚书》是一本伪作，而《今文尚书》则大部分是战国人写的伪书，如何可以不引起轩然大波？石越费尽心思弄出这本书，并公开刊发的目的，一则是为了进一步确立自己在学术上的地位；二则是想要颠覆当时人们对上古三代的认知，关于三代最原始的资料出自于《尚书》，一旦《尚书》的真实性被质疑，那么其权威必然大大下降，而石越便可以重新解释经典，构建一个新的上古三代；三则是引发一点疑古的思潮。
如果说《论语正义》一出来，是赞扬远远多过批评的话；那么《疑古文尚书伪作论》一出来，便是让许多人目瞪口呆，舆论几乎是短暂性失声。而等到最初的惊愕之后，留给众人的，便是一种复杂的心情。《古文尚书》之伪几乎是无法辩驳的事实了，反正是东晋人献的，不是什么古以有之的东西，大家也能平静的接受。但是对《今文尚书》的质疑，却未免有证据不足之嫌。一时间批评的声音都是针对《今文尚书》部分而来，其中攻击得最卖力的，便是*凤。只不过他的反驳，完全是一篇对石越人品的责难，在学术上实在没有太多的意义。而石越对《今文尚书》某些部分是否伪作，并未给出定论，这些反对的声音没有引来石越的辩护，反而引来了不少著名学者的辩护。
《疑古文尚书伪作论》的出版真正引发了一次学术界的大讨论，其直接结果就是朝廷明示天下，从此考试不再考《古文尚书》；其后遗症是今文经与古文经的战火，由此重新点燃，这是石越所始料未及的。
但是四月的风暴并非仅此而已。在四月下旬，石越第一部真正意义上自己创作的作品《三代之治》出版。这本书全文不到五万字，是一部乌托邦式的著作，以复兴上古三代（尧、舜、禹）的名义，讲叙了一个理想化的世界，包括社会、文化、政治制度等等诸方面的内容。石越与苏东坡所谈的民主议会的思想，便反映在这本书中。其中心思想无非是天子是受命于民，而非受命于天，得民意者方能治天下，又指出天子最可倚重的，不是士大夫，而是老百姓……
石越先空洞化对三代的记载，然后对上古三代进行自己的解释，借三代的名义抢占对儒家经典的制高点，再辅以对儒家经典的重新解释，完成对儒家学说内部的改革——这是后世对石越的种种行为的解释。当时的宋代，在文化上实际上和汉武帝时代的情形非常相像，经学经过两晋之变，在唐代复兴，却又慢慢让位于诗赋，到五代士风沦丧，可以说在宋代迟早要有一种新的学说来占领思想界的王座，这完全是一种客观需要。所以先有所谓古文运动，然后有王安石的三经新义，最后有朱熹完成的理学……群雄逐鹿，最后理学捷足高登，主导中国数百年的思想史。此时石越的作为，不过趁古文运动已到最后的辉煌，正准备完成它对晚唐以来艳丽的文风最后一击，而王学尚未问世，理学影响未大之际，趁虚而入，以一系列的新说，加入到这个思想界王座的竞争之中。
在《三代之治》的序言之中，石越提出来“复古、朴实、求是”三原则，继承古文运动的精神，他公开说三代无书，汉人之文风最合三代的精神，文章应当学西汉；而做人或为文，都应当讲究朴实无华，不应当追求浮华的东西，文景之世，皇帝诏书如同白话；又三代尧舜禹，汉代文景，没有皇帝给自己加尊号，他们的令名照样传之于后，石越甚至大胆的在文中呼吁皇帝不要给自己那种长而无实的尊号——这一点其实是谋定而后动，赵顼对于加尊号的确是没有什么兴趣，终其一生，没给自己加什么尊号；石越又提出来“求是”，要求大家做事讲证据，重实事。
《三代之治》一经出版，几天之内就被抢购一空，汴京城的读书人争大眼睛想看看石越的新作，让桑氏印书馆赚了个十足。而之后引起的议论，更加超过《疑古文尚书伪作论》，毕竟后者是一部考证的书，真正能从中间找出问题来辩难的，都是比较高明的人物；而《三代之治》则主要是一部空想理想社会的书，但凡空想，只要是人，便可品评一下得失的。
……
“自古以来，君为天、臣为地，君为乾、臣为坤，子明所谓议会，以士绅百姓议论官府，以黎庶与九五为一体，似有混乱阴阳乾坤之嫌？”王安礼谨慎的问道。
石越随手画了一个太极图，交给王安礼，微笑不答。王安礼看一了会，突然开怀大笑：“原来如此，妙，妙。”
唐棣等人面面相觑，不知道他们闹什么玄虚，柴贵谊忍不住悄悄问桑充国，桑充国微笑道：“这还不明白？阴阳一体，方为宇宙。世间至道，极阴便是阳，极阳便是阴。九五之尊为极阳，黎庶百姓则为极阴，二者表面看来相距悬殊，实则一体也。”
……
“子明于《三代之治》中倡议天下普设学校，立图书馆，欲使天下人皆得读书识字。然则自古士农工商，各有所事，此天命也，子明欲使人人皆为士，可得乎？”苏轼虽然是杰出之辈，脑子里却未免还是有那些等级观念。
“在下闻孔子曰：有教无类。未闻孔子以士农工商而有教与不教之别矣。且士者，本出于农也，故有耕读之家。工、商之间，亦未必无贤者，陶朱贾人也，傅说工人也，二者非为不贤。君以为工商不得读书乎？以为读书不可以为工商乎？”石越悠然答道。
……
《三代之治》自问世之后，其中称赞者固然不少，但是众人多多少少都有一些不以为然之处，所以问难辩析便成了家常便饭。而对《三代之治》持最激烈意见的人，便认为这本书是无稽之谈，荒诞不经，不过是《准南子》之类的杂家之言，殊不足道。但是大部分的读书人，却多多少少对书中提出的理想社会很有兴趣，其中提出的“耕者有其田，居者有其屋……”之类的理想，更是被大部分儒生认为这正是儒家经典所说的“大同之世”。普遍的质疑，还是集中在某些具体措施之上。
据说皇帝就曾经很认真的问王安石：“石越《三代之治》，可以施之于世否？”王安石敛容答道：“此非臣所能知也。惟其中议论，颇有迂阔之处，其谓耕者有其田，自井田崩坏以来，历代无人能复之，如何能得耕者有其田？又谓广立学校，臣以为州县立学，已属不易，全国遍立，所费几何？此石越所未深思矣。然其意甚善，亦未必无可采之处。”
王安石这还是持平之论。又有人在皇帝问到议会制时，愤愤不平的答道：“此石越欲离间于君王与士大夫也，其心实可诛。”弄得年轻的皇帝一脸愕然，说道：“不过论是非而已，何至于此？”
且不管这种种议论，当《三代之治》出版之后，新党看到的，是一个包含着改革思想的年轻人慢慢崛起，虽然他已经通过曾布向王安石表明一种中立的态度，但是王安石并未引以为嫌，毕竟中立不是反对，他还是乐见这个难得一见的奇才诞生的——虽然反对派诸大臣对石越的举荐，依然让他很不快。而在旧党一面，司马光等人欣赏石越的才学，赞赏他不愿当官的人品；苏轼和石越有不错的私交；另一些元老大臣看重的，却是石越虽然身世不明，却一向以北方人自居，他长得如高大，看起来也像是个北方人——至少北方人比南方人要可以相信得多，况且这个石越的确也是很有才学的，他又是司马光等人举荐过的，从私交上来讲，大家对他更无恶感。所以在旧党中，普遍也没有人刻意去阻挠皇帝新一轮的征诏——虽然对于石越写在书中的某些观点，很多旧党是不以然甚至极度反对的。
不过也有人认为，当时新党与旧党对于征诏石越的任命并无阻扰，不过是因为大家的精力都放到了朝廷中关于变法引发的*上去了，没有人愿意花时间来对付一个无足轻重的人物，以致莫名其妙的树敌。而同时石越表现出的才学，也足够构成朝廷征诏他的理由了。
所以在五月份，宣诏使者再一次来到桑府，重演了三月的一幕。虽然皇帝的诏书比上一次更加恳切，而对石越的评价也更高，但是石越依然用老的理由回答。而最夸张的是走之前那个宣诏使者说的话都和上次那个人说的一模一样……当然，他口袋里也不免装了一贯钱。
苏轼和王安礼不约而同的来桑府，苦口婆心的劝石越出山，结果发现“其志甚坚”，也就无可奈何，只是万难死心。而石越则拿出了正在写的几本书的草稿，很快就把二人给吸引过去了。
略略看过之后，王安礼问道：“子明，这些奇技淫巧之说，虽然颇得精妙，然于世道人心何用？”苏轼也点头，显见二人有同样的疑惑。
石越笑着背了一段经典：“伏曦造琴瑟，芒作纲，芒氏作罗，女娲作笙簧……”这是《作篇》里面的内容，讲叙的是上古圣贤发明创造的事迹，任何一个历史系学生应当都不陌生——因为这是必修课的内容。
好不容易背完，石越才说道：“奇技淫巧，若为无用，则伏曦、女娲、黄帝、舜、禹等古之圣人，为何皆有发明？此非奇技淫巧也，此圣人之事，何得谓之奇技淫巧？今者以为此等事不过小人之学，君子鄙之，此所以今之不如古也。”
虽然觉得石越未免有点不通，但是《世本》中的确有这一篇，讲古之圣人发明创造的故事，若依石越的说法，也不是没有道理的。二人虽然都是辩才无碍的人，但是对于石越的这种观点，倒也一时想不到哪里有什么不妥。
王安礼温厚的一笑，说道：“子明真是语不惊人死不休。不过也真让人难以驳难。只是把工人之事当成圣人之事，只怕士子们不太服气。且这些东西，甚至不是工人之事，而是杂学。”
苏轼爽声笑道：“杂学便杂学，古之君子，于经典之外，骑射博物、天文算术之学，无所不通。身兼数家之学的，今日也未必没有。只是如子明这般博学，似乎天文地理无所不通，又如此年轻，真是所谓生而知之者。”苏轼有这等见解，其实并不奇怪，今人因为偏见，往往以为古代的儒生连算术都不会，其实中国古代，便是到明清八股横行的时代，许多的儒生对于天文地理、算术植物以及占卜算卦，都是颇为精通的，只是他们受“君子不器”的影响，大部分人不愿意以全部的精力去钻研这些，只是当成一种业余的修养，这一点上，和石越的立意就大有不同了。
让苏轼如此夸赞石越的几本书，被后世称为“石学”，也称为“杂学”，这几本书分别是《算术初步》、《几何初步》、《地理初步》、《逻辑初步》，这四本书加上其后的《物理初步》、《化学初步》、《生物初步》，并称“石学七书”，陆续在熙宁三年的六月份出版。
这几本书的内容可以说相当的浅薄，其可贵之处是提出了一些理论要点，并且是中国历史上第一次对科学技术进行理论性的总结与归纳。当时宋代的技术积累已经达到了相当的高度，各种技术发明让现代人都瞠目结舌，有些现代人出于傲慢与偏见，以为中国人第一个发明了火药而没有用于战争——但实际上，在宋代的兵器谱上，火药兵器数以千百计！其他种种发明与创造，几乎让人怀疑那是一个现代社会——但是独独缺少的，是科学理论的出现，也可以说是中国文明在这方面的天生性缺陷，也可以说是历史没有给中国文明这个机会——但是不管怎么样，如果说中国文明和现代科学之间隔着一扇门，那些门的钥匙叫“科学理论”，那么此时石越无疑是告诉了中国人那扇门的存在，告诉了他们打开门之后所会发现的世界，告诉了他们钥匙制造的关键，接下来的，就是中国人凭自己的聪明，去制造钥匙，推开那扇门了。
这就是“石学七书”的意义所在。从此中国的科学家们不再全部把精神致力于解决一个个的技术问题，而是开始去总结发现科学理论，再以理论来指导技术的创新……这是一条完全不同的道路，学习过“石学七书”，在有限的时间内，对于一个普通人来说，你只是知道了一些“杂学”，看起来并无用处，但是对于那些已经在科学领域达到一定高度的来说，无疑是让他们眼前豁然开朗。
虽然这几本书的意义非常凡响，但是对于石越来说，却是只能苦笑的事情。因为他始终是一个文科生，《算术初步》还好一点，至少有初中一年级的水准；而《几何初步》就实在太简单了，号称为“书”，可全书不过一万字，讲了一些简单的公式；《物理初步》还不错，许多理论记得很清楚，至少也有初中水平；可是《化学初步》完全就是一本理论书，他怎么可能记得住那些分子式？那不是开玩笑？全书罗列各种理论与化学现象数十条，提出各种问题近百个，两万多字写完，估计一般人根本看不懂；《地理初步》提出地圆说，在中国倒并不会导致迫害，实际上汉代对此就有不少假说，只是人们不相信，那是那难免的了——估计结果就是被人当成《山海经》第二；《生物初步》没有说物种起源——他不想引起太大的麻烦，只是说了化石的作用，又说了一些人体的构造之类，虽然生物是石越学得最好的，但是也是最难写的，全是顾虑；《逻辑初步》是一本纯粹的哲学书，最好写的一部书。
“石学七书”还有一个特点，就是引进了阿拉伯数字和字母文字，这两者堂而皇之的出现在大宋的出版物里，为此石越不得不特别写了一个“凡例”，为此做出详细的解释。这个凡例的字数竟比一本书还长……虽然用字母文字表达不是没有办法可以替代，但是石越毕竟是受现代教育，你让他改成另一种东西来解释一些公式，他本来就不太明白的头脑肯定会更糊涂，何况引进一些符号文字，并不是一件坏事。阿拉伯数字和字母文字的命运迥异，前者很快就被广泛采用，后者一直只有一些精英阶层用来做学问用。
六月的夏日出版的“石学七书”，并没有引起很大的轰动。人们已经慢慢习惯了石越带来的一个个的惊奇，关于他的种种谣言开始流传在市井之间，最好的说法说他是“文曲星转世”，所以这么年轻有如此好的学问，连皇帝都两次征诏他；而最坏的说法是他是一个大骗子，他骗了一个垂死的学者的文稿，然后刊发于世，骗取名声，所以皇帝征诏他不敢应诏，是怕露了马脚……
不过“石学七书”依然在比较小的圈子里引起了注意，而大部分赞扬的评语都是从这些小的圈子流传出来的。所以也有不少读书人明明看不太懂，也要买几本回去充充门面——当然，《地理初步》和《生物初步》、《逻辑初步》例外，不出石越所料，《地理初步》只有少数人识货，大部分当成海外奇谈来看，真正的《山海经》宋代版，对此石越只能苦笑；《生物初步》引发的结果则是惊奇，我的心只是供用血液的？我们是用大脑思考？这实在有点让人觉得不可思议，算了，当笑话听吧……《逻辑初步》在有学问的人眼里，“虽则不无道理，然亦名家之言矣，略胜古人，非正道之学”。这三本书是导致“石学七书”又称为“杂学”的主要原因。
但不管怎么样，朝廷在六月下旬明诏天下以后*、考试必须采用“标点符号”，允许使用“阿拉伯数字”记数，都是对石越某些倡议的认可。而紧接着对石越的第三次征诏，也不能说完全与“石学七书”无关。
只是石越依然毫无新意的用一个老理由拒绝了，完全不理会诏书对他这个用了两次的理由进行了批评。
“这个石越真的不想做官？”年轻的皇帝未免觉得有点奇怪，才二十多岁就不想做官，实在少见，不过一般朝廷也没有征诏过二十多岁的“博学鸿儒”。
“陛下，臣不敢妄说，只是石越断非无意功名之人，否则不会在半年之内，刊发著作十本。”王安石倒是很理解石越，想做隐士的话你出什么书呀？
“那是什么原因不愿接诏？”皇帝更奇怪了。
“依臣妄自揣测，或者是对博学鸿儒科不以为为然。”王安石不负责任的说道。
“何以见得？”皇帝有点不快了，博学鸿儒你不做，你石越又不是身有功名的人，难道想要我直接给你官职？
“这个臣也只是揣测。”
……