参与过大小凌河之战、锦州保卫战的左良玉剿贼很是卖力，他部下的昌平兵也很是勇武能战。进入河南的贼军在他的打击下，被迫分成了几大股。有的留在河南活动，有的则冲出了河南，向邻省挺进。留在河南境内的贼军，先是向南攻杀，进入南阳、汝州、汝宁府活动。但不久就被各路官兵各个击破。

过天星部是被河南巡抚玄默从床上拖起来的总兵汤九州，冒着风雪连夜率兵偷袭打败的。对官军趁风雪夜袭根本没有防备的过天星，被汤九州打个措手不及，吃了大亏。

过天星乘夜逃窜，汤九州率兵猛追60里，斩杀400余人。次日，又追到汝宁府遂川县境内的横山镇，斩杀600人。

左良玉则在叶县的保安驿，击败一支贼军，擒获头目一条龙、上山虎、展翅飞、小李广等，并乘胜追击，挥兵进入南阳府泌阳、汝宁府。

河南各路明军发威后，贼军被打得到处逃窜，引发连锁疚。三月初六，就连素来不被瞧得起的京营也病猫发威了，一向不被重的京营刘令誉部，在刘指挥的亲自督战下，竟然也在泌阳的牛蹄村也打了大胜仗，斩首千人。总兵张应昌部在灵宝、平山打了几仗，把残留在河南的贼军打得大败，其首领张有义被俘。通过这几次大仗，留在河南境内的贼军，除少数逸出外，基本上被官军肃清。

与此同时，大量的贼军借道河南，杀入湖广、陕西，甚至四川。闯王高迎祥等部自卢氏进入山区。卢氏山区，崇山峻岭，天高皇帝远，素来是不法矿徒聚集之地。高迎祥诸部，由矿徒向导，进入内乡，并由内乡、邓州、淅川向湖广渗透。

三月底，高迎祥等率部扮成香客，杀入湖广郧阳府所属的郧西县城，接着又攻破郧西之北的上津。不久，房县、保康诸县也被攻破。一时间，郧阳府境内，聚集着数万贼军。

郧阳地区，自古以来就是一个让官府头痛的地方。这里是一个开发较晚的大山区，其地形是四望峰峦，大山无边，森林茂密，只有无数庞杂小道、乱流溪水充斥其间，不知尽头。外人进入，如无本地熟悉地形的向导引路，那就根本不分东西南北。对于要躲避官兵的贼军来说，这真是一个玩捉迷藏的好地方。不仅山区地形有利于贼军，而且郧阳的地理位置也便于四面出击。

郧阳之东北，可通河南之淅川、内乡；其西北，则可通陕西之平利、兴安、洵阳、山阳；其西南，则可通四川之大昌等地；其南面，则可通湖广之荆门、远安、夷陵；其东南，也可由汉水直赴襄阳。

洪武五年，太祖皇帝任命邓愈为征南将军，对郧阳及附近地区用兵长达一年，把该地区不服新朝统治的少数民族及汉族流民几乎杀戮殆尽，并下令禁山，不许附近州县的贫民进山垦荒、移居。但禁山政策并没有能阻止大量流民的移入。至成化前，人数已多达百万。

成化元年，河南人刘通、石龙率流民在房县造反，朝廷派兵围剿，花了相当代价才镇压下去。由于官兵进山狂捕滥杀，据说岁以上的男子皆被斩杀，加上连续旱灾，流民大增，至成化六年，刘千斤的部下河南人李原再次造反。朝廷派御史项忠总督河南、湖广、荆、襄军务，发兵围剿，残酷屠戮。项忠还强制遣还山中流民，被迫害致死者多达数十万。即使是这样的高压，仍无法阻止流民进山。至成化十二年，在荆襄地区聚集的流民又增到数十万之多。朝廷无奈之下，只得改变策略，把湖广、河南、陕西三省之交的这片山区，单独析出，设置郧阳府，下领7县，归湖广管辖。

贼军深入郧阳山区，真是如鱼得水，如入无人之境。朝廷也深知郧阳山区是麻烦之地。因此，当兵部尚书熊明遇得知贼军已赴南阳境内的内乡、叶县时，就已预感到贼军进入湖广郧阳山区的危险性和可能性了。他向崇祯帝作了汇报，要求早作准备。等崇祯帝读到这份报告时，贼军已经进入郧阳等地，然而迎头就遭到勋阳巡抚卢象升的痛击，贼军下湖广不得，被迫掉头逃往河南。

各地报捷的奏疏如雪片一样飞向京师，年轻的天子对于各地战况很是满意，唯独不满意的是登莱的局面依旧没有打开。刘宇烈、张国臣、高起潜座拥数万精兵，每次上报朝廷都言之凿凿抚事即日便成，可是等来等去却没有等到叛军接受招抚的消息，反而传来锦州参将施大勇率军截杀宦官，抢夺军饷率军叛逃的消息。

这个消息让崇祯在震惊之余感到无法相信，苦于厂臣曹化淳正在姑苏，锦衣卫又早已撤出各军耳目，对于施大勇的叛逃，崇祯竟然一时不知道真相。

苦闷之余，他召来了王承恩，直接问道：“施大勇的事情你知道了吗？”

王承恩点头道：“东厂先一步便来了消息，奴婢是知道的。”

崇祯又问：“那朕交待你的事情可曾落实了？”

王承恩迟疑一下，摇了摇头：“没有。”

“没有？”崇祯一怔，随即大怒：“你这奴婢好大的胆子，朕交待你的事情也敢拖着不办！”