相对于第一波空袭来说，第二波空袭的难度稍微大了一点，尽管3座美军机场都被炸毁，大部分防空炮阵地也被清除，但是还是有几架美国战斗机不知道是从哪里升空了，再加上港口内还有20多艘美国驱逐舰和巡洋舰，这时候它们大多已经点火升压，一部分在向港外疏散，一部分在港区内徘徊，用它们的舰上防空武器为港区增加了一道屏障。

第二波攻击机群的主要任务就是补刀，那些还漂浮在水面上的大型舰艇和受伤不重的舰艇都是它们的目标，另外在确认一下还有没有漏网之鱼，也一并处理喽。不过目前的港区里烟雾太大，由于这里是低洼地形，当天的风力又很小，爆炸和燃烧的烟雾全部弥漫在水面上，不光是从空中无法看清楚港内的情况，就连那些美国驱逐舰也很难靠近燃烧着的船只。

当攻击机群抵达港区之后，面对这些烟雾也是没有任何好办法，只能先穿越目标区域，然后爬升起来，从空中勉强瞄准目标，依靠着经验进行危险的俯冲投弹。浓烟的干扰和少数防空武器，都给第二攻击机群增加了难度，20分钟左右的俯冲攻击之后，第二攻击机群放弃了继续扫射地面目标，开始返航，让机群指挥官难受的是，5架攻击机失去了联络，不知道是被击落的还是因为距离判断不准确而一头扎向了军舰。

随着第二波攻击机的离去，珍珠港上空逐渐恢复了平静，整个港区已经陷入瘫痪，大部分停泊在这里的美国太平洋舰队主力舰艇都被炸毁在泊位上，尤其是那4艘又宽又长的航空母舰，现在它们已经烧成了火球，其余的几艘战列舰也七扭八歪的瘫倒在水中，只露出了舰体上上部，还有一艘宾夕法尼亚级的战列舰横着躺在了海水中，露出了满是贝壳的船底。

在第一波空袭之时，位于福特岛上的美国太平洋舰队司令部就遭到了联邦飞机的机炮扫射，连同太平洋舰队司令金梅尔上将、布雷舰对司令弗龙少将、港区司令布劳克少将、列克星敦号舰长布朗中将、企业号舰长斯普鲁恩斯少将等一群美国海军高级官员都躲进了司令部地下的防空掩体，并通过无线电和电话指挥残存的军舰向港外疏散。

但是没多久，第二波空袭来临，面的如此多的敌方飞机，太平洋舰队高层判断这次南海联邦大概出动了6艘以上的航空母舰，甚至更多，而目前太平洋舰队只剩下2艘航空母舰和2艘战列舰以及一部分巡洋舰和驱逐舰，暂时不能正面抗衡南海联邦海军，应该让萨拉托加号和达文波特号航母迅速逃离这个区域，前往西海岸的圣迭戈海军基地。

这两艘航母原本也是停留在珍珠港内，但是在空袭之前3小时，太平洋舰队司令金梅尔上将命令它们前往圣迭戈海军基地去接收飞机，结果它们2艘船与另外2艘战列舰组成了一个小编队，半夜就离开了珍珠港。

这支舰队在离开港口的时候，就被负责监视港内动静的联邦潜艇发现了，这艘联邦潜艇悄悄的跟了舰队一段距离，在确认它们已经向东驶去之后，就打算向联邦进攻舰队发报汇报这个重要消息。

由于是在美国海军的控制范围之内，联邦潜艇一般都不会上浮到水面活动，所以它放出了拖曳天线，准备发报。巧合的是，这艘潜艇的拖曳天线电缆缠在一串美国渔民的捕蟹笼钢缆上，结果怎么弄也弄不开了，最后只能切断了事，结果这一折腾，这艘潜艇被美国海军的巡逻驱逐舰发现了，并遭到攻击。

虽然这艘联邦潜艇凭借着出色的性能多次摆脱驱逐舰的追逐，但是架不住人家是在家门口，可以叫援兵，于是3艘驱逐舰和一艘联邦潜艇就在港口外开始斗智斗勇，致使这艘潜艇一直不能上浮向进攻舰队发电。一直折腾到第一波空袭结束，那3艘美国驱逐舰才无奈的返回了珍珠港，而这艘联邦潜艇继续逃了几海里之后，才冒险上浮，终于发出了这封电报。

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